4ta Fase: el lento camino hacia la retirada soviética 1986-1989.

A pesar de los éxitos militares del Ejército soviético y del desgaste de los mujahidines, la duración de la guerra estaba empezando a hacer mella en la moral y la voluntad política de continuar la lucha por parte de Moscú que ya no presentaba esa solidez e imperturbabilidad de las décadas anteriores. Los gastos de guerra ascendieron a 60.000 millones de rublos y las fuerzas armadas sufrieron en total 14.000 bajas. La resistencia que se mostraba incapaz de vencer por el camino de las armas parecía estar ganando en el terreno político. En el interior, el pueblo apoyaba mayoritariamente su causa y en el exterior, la opinión pública estaba claramente de su lado. 

Esta última fase se inició con los mismos patrones militares e intensidad de combate con los que había acabado la anterior. Los mujahidines, no obstante, habían ido mejorando su eficacia gracias a una nueva generación de armamento que empezaron a recibir desde los Estados Unidos. El más importante fue el misil antiaéreo portátil Stinger de poco peso, fácil manejo y gran eficacia, que empezó a ser suministrado a partir de octubre de 1986 y que hizo que cualquier avión o helicóptero soviético se encontrase amenazado a no ser que volara a gran altura. Las tropas soviéticas tuvieron que cambiar sus tácticas y reducir el número de misiones aéreas disminuyendo de ese modo la eficacia de los bombardeos y la actividad de las tropas helitransportadas. Los helicópteros artillados que se habían mostrado tan eficaces para combatir en todo tipo de terrenos tuvieron que ser empleados con mucha mayor precaución. 

El dominio del aire, que había sido la base de los éxitos soviéticos tanto para las campañas de bombardeos como para reaccionar rápidamente ante los fugaces ataques de la resistencia o para alcanzar sus líneas de abastecimiento en los parajes más recónditos, quedó gravemente limitado. Aunque los esfuerzos militares soviéticos mantuvieron o incluso aumentaron su intensidad ante la perspectiva de un futuro repliegue, éstos ya no tuvieron la eficacia de antaño. 

Gorbachov presionó a los generales soviéticos y al gobierno aliado afgano para que se encontrara una salida a la guerra. La dirección polí- tica de Moscú, cansada de la inoperancia de Karmal, intentó reconducir la situación poniendo a Muhamed Najibulá, un hombre enérgico y hasta entonces jefe de la policía secreta, a la cabeza del gobierno afgano. Este moderó su posición política distanciándose de los estrictos planteamientos de la ideología comunista e intentó sin éxito formar un gobierno de reconciliación nacional.

 Gorbachov

El acercamiento soviético-norteamericano en 1987 supuso una mayor presión para la resolución del conflicto. Las conversaciones de Ginebra se intensificaron alcanzándose el acuerdo de 14 de abril de 1988 por el que los soviéticos se comprometían a retirar sus tropas de Afganistán en nueve meses. Aunque los combates se mantuvieron con toda su intensidad durante aquel año, el 15 de febrero de 1989 se completó la retirada soviética.