En 1989, las fuerzas soviéticas se retiraron de Afganistán. Quince mil soldados soviéticos y un sinnúmero de afganos habían muerto en la guerra de diez años. Miles de millones de dólares habían sido gastados cada año para apoyar a las tropas en Afganistán. Incapaces de derrotar a los muyahidin y presionados por la opinión pública mundial de abandonar Afganistán, el líder soviético Gorbachov decidió que la URSS tenía que salir. En parte, el rumbo de la guerra había sido convertido por la introducción de los Estados Unidos tras lanzar misiles antiaéreos en 1987. Con estos misiles, los muyahidin derribaron aviones y helicópteros soviéticos todos los días, aumentando el costo monetario y humano de la guerra, y haciendo las tácticas de ataque soviéticas ineficaces. Desmoralizados y sin victoria a la vista, las fuerzas de la URSS dejaron Afganistán.
La guerra tuvo efectos de largo plazo en Afganistán, los soviéticos y los EE.UU. Varios millones de afganos habían huido al país vecino, Pakistán, ya sea en busca de refugio o se convirtieron en refugiados internos. Además, millones de personas más habían muerto de inanición o de los bombardeos soviéticos y redadas. Entre los sobrevivientes había una generación que sólo había conocido la guerra, el odio y el miedo. Casas, animales y sistemas de riego preciosas fueron destruidas, dejando al país árido y en la ruina. Además, miles de pequeñas minas terrestres dejadas por los aviones soviéticos siguen presentando un peligro para el pueblo afgano mucho después de que la guerra con la URSS terminó.
La URSS también se vio afectada en gran medida por su fracaso. Perdió quince mil soldados, pero el verdadero daño hecho fue la degradación de su imagen, y los miles de millones de dólares que gastó durante la guerra. Esta caída de la invencibilidad y enorme gasto de dinero para financiar la invasión, en parte, causó que la URSS se desmoronara a principios de 1990.
Uno de los efectos a largo plazo de la invasión soviética y de extracción fue el establecimiento de un estado débil lleno de odio religioso y el odio de las naciones más ricas: un caldo de cultivo para el terrorismo. Aunque el suministro de la resistencia afgana con armas estadounidenses y misiles antiaéreos parecía una buena idea para los EE.UU. en la década de 1980, y fue la razón de la derrota de los soviéticos, ahora como los invade los Estados Unidos, se encuentran con sus propias armas. La importancia de las armas sofisticadas aún no se ha determinado. A la luz de la participación de Estados Unidos hoy en Afganistán después de los ataques terroristas del 11 de septiembre, es especialmente importante para entender la historia de la participación de la Unión Soviética allí, así que podemos evitar cometer los mismos errores.